上海市法医学重点实验室于2007年12月批准建设，2009年11月通过验收，2010年10月通过首次评估。经过多年建设，实验室以提供法医学鉴定服务为主，结合法医学鉴定关键技术研究、法医学高端人才培养、鉴定质量控制（能力验证）服务等工作内容，逐步建设成为了一个依托上海、辐射全国，具备法医学鉴定、研发、教学等综合应用能力的专业性重点实验室。

实验室实行依托单位领导下的主任负责制，由主任、秘书处和5个专业组组成。主任负责实验室的发展规划、学科建设、人才培养、学术活动、仪器装备等宏观工作。秘书处协助主任召集实验室会议和学术委员会会议，负责实验室信息收集、整理、统计和归档，实验室科研管理、开放课题的管理等工作。专业组负责组织实施所承担的科研课题研究和司法鉴定任务，制定本专业组科学研究、人才培养、学术交流等具体规划，管理本专业组仪器设备，承担研究生培养和鉴定人继续教育任务；专业组研究人员实行固定人员与流动人员（客座研究人员）相结合方式，采用“学科带头人+研究骨干+研究生”组织模式，其人事、行政、财务等依托研究院职能部门进行管理。